防潮湿碳酸氢铵易吸湿，造成氮挥发损失；硝酸铵吸湿性很强，易结块、潮解；石灰氮和过磷酸钙吸湿后易结块，影响施用效果。因此，这些化肥应存放在干燥、阴凉处，尤其碳酸氢铵储存时包装要密封牢固，避免与空气接触。
防挥发氨水、碳酸氢铵极易挥发，储存时要密封。氮素化肥、过磷酸钙严禁与碱性物质（石灰、草木灰等）混合堆放，以防氮素化肥挥发损失和降低磷肥的肥效。
防受热温度愈高，化肥的潮解挥发和结块愈严重（稳定性愈差），因此贮存房屋的温度应保持在30℃以下，农村最好不放在有热源的厨房内。
防火灾硝酸铵、硝酸钾等有助燃性，贮存时不能和易燃物如煤油、汽油、秸秆、木屑等堆放在一起，以免引起火灾。
防爆炸硝酸铵、硝酸钾等容易爆炸，若与铜、铁等金属粉末混在一起，一旦摩擦撞击，就会引起爆炸事故。所以这些化肥结块硬化后，不要用金属物猛击，要用重物碾碎。
防腐蚀过磷酸钙有腐蚀性，应防止与皮肤、金属器具接触；氨水对铜、铁有强烈腐蚀性，宜储存于陶瓷、塑料、木制容器中。此外，化肥不能与种子堆放在一起，也不要用化肥袋装种子，以免影响种子发芽。
防混放化肥有酸性和碱性，应分门别类，按产地、种类、性质分别放置和保管，以免降低肥效。
防误用肥料不能和农药、人畜药品、食用物品（如白糖、食盐）等混放，以免误用。特别要防止小孩误食。
