金针菇基腐病又叫根腐病，该病多发生在生料栽培的金针菇上，但近年来在熟料栽培及瓶栽中发生也较普遍，危害较严重。
症状： 发病初期，菌柄基部发生水渍状小斑，随着病情的发展，逐渐扩大，并且颜色逐渐加深，后变成黑褐色腐烂状。子实体发育阶段，菌柄基部变黑褐色至黑色腐烂，基部腐烂后，子实体倒伏。幼菇发病，不会倒伏，逐渐萎缩停止生长。
病原： 病原菌属半知菌亚门的瓶梗青霉菌，在马铃薯蔗糖琼脂培养基上生长时，菌丝灰白色，纤细，生长速度快。分生孢子形成后，菌落成灰白色粉状，菌落下部的培养基变成深红色或紫红色，后整个菌落呈粉红色。显微镜下，分生孢子梗在菌丝上长出，呈指状生长，顶端形成长链状的分生孢子链，待分生孢子成熟后，从链顶端往下脱落。
发病特点： 病菌多生活在土壤中及有机物上，寄生性弱，以腐生生活为主，可通过空气进行传播进行初次侵染，在中温高湿或低温高湿的环境，尤其是在培养料表面长时间积水的条件下，病菌进行侵染，多从菌柄侵入，其病情蔓延速度较快。病原菌多次人工接种在平菇子实体上不发生侵染。该病在室内栽培中发生较多，发生于棉籽壳生料栽培的菇床上。
防治方法
（1）在配制培养料时，严格控制含水量，在子实体生长阶段，避免菇床上长时间积水。
（2）搞好菇房环境卫生，适时通风透气，控制空气相对湿度不超过95%。
（3）化学防治 发现有病菇，及时清除，后喷洒1：500倍的25%多菌灵或1：800倍的70%甲基托布津，或1：500倍的65%代森锌。常用药剂 ：多菌灵、甲基托布津、代森锌。
