褐腐病主要危害草菇、蘑菇等的子实体。子实体受到轻度感染时，菌柄肿大成泡状畸形。子实体未分化时被感染，产生一种不规则组织块，上面覆盖一层白色菌丝，并逐渐变成暗褐色，常从患病组织中渗出暗黑色汁滴。菌盖和菌柄分化后感染，菌柄变成褐色，感染菌褶则产生白色的菌丝。
防治方法：初发病时, 立即停止喷水, 加大菇房通风量, 将室温降至15℃以下；病区喷洒50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，也可喷1%-2%甲醛溶液灭菌。如果覆土被污染, 可在覆土上喷50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液, 杀灭病菌孢子。发病严重时,去掉原有覆土, 更换新土, 将病菇烧毁, 所用工具用4%甲醛溶液消毒。
