灰霉病病菌可形成菌核在土壤中或以菌丝、分生孢子在病残体上越冬。分生孢子可随气流及雨水传播蔓延，农事操作也会成为重要传播途径。防治灰霉病必须认真执行土传病害的各项综防措施，同时还必须搞好生态防治与及时清除病源工作。
化学防治灰霉病与菌核病，可用同一种药物。目前，比较有效的药剂有50%的天达霉腐利800倍、50％农利灵1000倍、50％扑海因800倍、50％多霉灵800倍、65％甲霉灵1000倍、14％施佳乐600-800倍、40％百可得1500倍、40％菌核净3000倍、50%凯泽1500倍。
使用上述任何一种农药时，与天达2116加天达有机硅3000倍混配，效果更佳。
需要说明的是，施用菌核净时很容易发生药害，原因有二：一是使用浓度过大，尤其是使用倍数在1500倍以下时最易发生药害；二是中午用药，温度过高，药害容易发生。因此，应按照正确使用浓度，在下午用药。
遇低温阴雨雪天气时，棚内蔬菜不宜喷雾防病。因为喷雾只会增加棚内湿度，于防病无益。可改用速克灵烟雾剂，每亩用300克为好，或速克灵粉尘剂，每亩用1公斤为好。
如果菌核病在蔬菜茎秆基部发生，应用菌立灭混加霉唑啶喷淋灌茎基部。
