有机肥料又称农家肥料，在果树生产中，常用的有堆肥、圈肥、厩肥、绿肥，饼肥、河泥、家禽粪、人粪尿、土杂肥等。多数有机肥料需要微生物分解后，才能为植株的根系所吸收，故又称为“迟效性肥料”，可作基肥施用。有机肥能有效地改善土壤的理化性状，提高土壤保水、保肥能力，改善土壤通气状况。
一、堆肥：以农作物秸杆、杂草、茎叶、树叶、禽畜粪便等为材料，层层堆积，经过微生物的分解腐熟而成。在微生物繁殖过程中，要保持适宜温度、水分、通气、酸碱度等，以利微生物的繁殖活动。
二、圈肥、厩肥：包括猪、牛、羊、鸡、鸭等各种牲畜、禽兽粪，含有丰富的氮、磷、钾等养分，经过发酵腐熟后作基肥施用。
三、人粪尿：腐熟的人粪尿，属于速效氮素肥料，含氮多，含磷、钾和有机质少可与速效性磷、钾肥配合施用。入粪尿中的氨易挥发损失，一般应封闭保存，如果加入 2-3%的过磷酸钙，不仅可固氮，还能补充人粪尿中的磷肥。人粪尿可沟施或穴施，施后立即浇水并覆土以防挥发。注意，未经腐熟的人粪尿易烧根，不要直接施用。
四、泥肥：沟、池、沼、河、塘及城镇下水道的淤泥，都属于泥肥。含有机质较多，是迟效性肥料，可用作果园的基肥。
五、绿肥：果园行间间作绿肥植物，可就地造肥，就地使用。不需堆制、沤制，不需田间运输，可节约劳力。果园行间的绿肥作物以矮杆，分蘖多、根系发达，茎叶繁茂的豆科作物作绿肥为宜，避免对果树遮光。
六、城市垃圾：由瓜果皮壳鸡鱼的下脚料及菜叶、树叶、蛋壳、炉灰等组成。主要来自家庭、菜市场及清理道路的垃圾，是复合的有机肥料，含氮、磷、钾三要素与堆肥、厩肥相似，施后可改良粘土物理结构和疏松土壤。
