霉菌毒素在家禽体内主要表现为三种不同作用模式：首先是减少细胞的蛋白质合成。细胞的蛋白质合成减少会导致胃肠道出现损伤，包括坏死、肌胃糜烂、出血和营养吸收不良等。其次是可导致家禽免疫力低下。第三是可改变大脑的神经化学特性，这主要是因为一些毒素具有药理上的活性，可使大脑中的血清素区域性浓度升高，此变化可改变动物的行为，如采食量减少、肌肉协调性降低以及嗜睡增强。
想要控制饲料中霉菌毒素的含量，需要对各环节进行严格把关。一是对源头进行控制。成功的控制体系始于良好的田间管理，实验室研究和商业试验的相关数据显示，作物管理（如及时去除耕地表面的作物残体）、田间轮作以及作物遗传育种会对作物收割时的霉菌毒素含量产生显著的影响。在作物生产中，合理的控制措施对于限制饲料原料受霉菌毒素污染十分重要。二是进行合理的保存。通过定期清理仓库、严格控制室内温度和湿度以及控制饲料的储存时间，可把饲料中霉菌毒素的含量控制在最低水平。
对于已污染霉菌毒素的饲料要进行脱毒处理。清楚霉菌毒素的方法有三类。一是物理法，如添加霉菌毒素吸附法；挑选霉粒法，国内曾在花生仁及玉米粒试用，去毒效果较好；碾压水洗，对粮粒较小的粮食，如玉米、小麦、小米等，毒素附着在粮粒的表面，可以用手搓和水洗的方式将毒素去除。二是化学法，如黄曲霉毒素一怕热、二怕碱，在碱性条件下黄曲霉毒素B1可以转化为可溶于水的香豆素钠盐，所以用2%的碱面浸泡后再用水认真漂洗，可以去掉黄曲霉毒素。三是高压破坏、臭氧、微生物去毒等新方法。
目前最常见的是在饲料中添加霉菌毒素吸附剂的吸附法。但从经济方面考虑，霉菌毒素吸附剂应该与其他预防和控制原料受霉菌毒素污染的措施相结合，而不能够完全取代这些防控措施。
