鉴于目前对鸡烟曲霉菌病尚无特效的治疗方法，重在避免霉菌的孳生。所以，鸡舍建造时要向阳，保持圈舍内卫生、干燥，尤其是加强鸡舍的通风，可明显减少空气中的霉菌数量，并定期消毒，一般用0.1%的次氯酸钠溶液或0.1%～0.3%的过氧乙酸溶液带鸡喷雾消毒，每平方米鸡舍用药5毫升，每周至少消毒1次，可消灭鸡舍顶棚、墙壁、地面、用具和空气中存在的烟曲霉菌，避免其经呼吸道感染鸡群。
及时清除粪便和污染的垫草，防止垫草发霉、发酵。为防止草垛发霉，可在草垛下面用木架等垫高，使其离开地面，防止受潮；垛顶用塑料布封好，且在草垛四角用石头固定，防止风将塑料布刮跑以及防漏雨，并在草垛四周挖沟排水。
把住病从口入关，是预防该病的关键，主要抓好饲料的保存。要经常检查库房内的温、湿度，不能用发霉的饲料喂鸡，保证饲料的新鲜。水槽、饮水器、饲槽每天要清洗1次，并用开水消毒。饮水时每10公斤水中加0.5%的百毒杀0.5～1毫升消毒。
加强孵化器的卫生管理，首先要做好种蛋和孵化器的消毒，每立方米用28毫升的福尔马林熏蒸消毒20分钟，以控制霉菌的危害。对霉菌和真菌的消毒最好选用3%的石炭酸或1%的甲醛溶液。也可用新型熏蒸消毒剂固体甲醛，每立方米用药3.5克，但需保持室温24℃以上、湿度75%，才能发挥较好的消毒效果。
鸡群发生烟曲霉菌病时，用制霉菌素治疗有一定的效果，一般每100只鸡用50万国际单位拌饲料投喂，每天2次，连用2～3天。鸡渴欲增强、用水量大时，可用硫酸铜20000倍液代替饮水，让鸡自由饮用。另外，也可在饮水中添加合霉素等药物，每公斤水中加入150毫克，对控制烟曲霉菌病的发生有一定的效果。
