大量广泛地使用兽药，必然会使细菌耐药性增加。尤其在经济全球化的今天，耐药菌传播速度越来越快，范围越来越广。兽药的广泛使用甚至是滥用，会使敏感菌大量死亡，耐药菌得以大量繁殖，促进和增强了细菌的耐药性。耐药性的产生使抗菌药的药效越来越低，使用标准的给药剂量已经不能起到防病治病的作用，必须不断加大剂量才有可能有效，这就会导致病程延长，药费增加，还可能引发并发症，导致患畜死亡率升高。有的病原菌甚至由于耐药性的作用增强了致病性，导致疾病大规模流行，极大地危害动物健康，同时也给畜牧业生产造成直接的经济损失。细菌耐药性的问题不仅影响动物疾病的防治，而且对人类的健康还有着严重的威胁。
危害公共卫生
如果一次性摄入大量的残留物，会出现急性中毒反应（过敏、中毒）。当抗菌药物残留于肉食品中进入人体后，就使部分敏感人群致敏，产生抗体。当这些被致敏的个体再接触这些抗生素或用这些抗生素治疗时，这些抗生素就会与抗体结合，生成抗原抗体复合物，发生过敏。
影响临床用药和新药研发
长期接触某种药物，可使机体体液免疫和细胞免疫功能下降，以致引发各种病变，形成疑难病症，或用药时产生不明原因的毒副作用，给临床诊治带来困难。例如，维生素E被称为“万能”维生素，对于畜禽的生长、保育均有很重要的作用，使用得越多，引起的残留量越大，肉制品、脏器及蛋中均有较多残留。其次，药物的不合理使用会给临床治疗费用带来压力。临床致病菌耐药性的不断增加，使抗生素的药效越来越低。动物养殖过程中，发生感染性疾病时，若试用几种抗菌药物均无效，不但加大了饲养成本，更由于病程延长影响了动物的生产性能，使养殖利润下降，甚至血本无归。同时兽药滥用给新药开发也带来压力。由于药物滥用，细菌产生耐药性的速度不断加快，耐药能力也不断加强。这使得抗菌药物的使用寿命也逐渐变短，为此需要不断开发新的品种以克服细菌耐药性。然而，研制新药周期长，技术要求高，资金消耗大，而成功率却很低。新抗菌药开发的速度减慢，而细菌的耐药性不断加快，这必将会给人类带来巨大的危害。污染环境
动物用药以后，药物以原形或代谢物的形式随粪尿等排泄物排出，残留于环境中。绝大多数兽药排入环境以后，仍然具有活性，会对土壤微生物、水生生物及昆虫等造成影响，尤其是驱虫药和抗菌药对环境的危害较大。这些药物通过不同的方式进入土壤和水里，不仅促进细菌耐药性的产生，而且残留在其中的药物还会通过食物链对人和动物的健康造成危害。
