一是闷棚前用土壤消毒剂处理土壤。在闷棚前先浇一遍大水、透水，随水灌施液体土壤消毒剂。为了达到更好的效果，浇透水后覆盖地膜。这样处理后，土壤中的病菌都会被杀死。
二是定植前后喷三遍药。第一遍药是在定植前，用普力克72.2%、霜霉威盐酸盐水剂（800倍液）和适量生根粉浸透穴盘，既防病又促进根系生长。第二遍药是在定植前喷洒霜霉威盐酸盐和农用硫酸链霉素，保护椒苗不受病菌浸染。第三遍药是在甜椒定植后2～3天喷洒一遍铜制剂，防治细菌性病害。
三是浇水后勤划锄。甜椒定植后要注意养护根系。秋茬甜椒定植时气温较高，水分蒸发量大，要勤浇水，补充甜椒需要的水分。甜椒定植后10天内一般需要浇3次水，每次浇水后注意划锄，增加土壤透气性，促进根系生长发育。
四是茎秆刷生石灰防病害。病菌极易从甜椒茎基部侵入，如疫病、茎基腐病、软腐病等，这是导致甜椒死苗的主要原因。在甜椒茎秆长到筷子粗时，用生石灰加水调成糊状，用刷子刷在辣椒茎基部，这样可以减少甜椒茎基部病害发生。
五是晚覆地膜，促进根系生长。不少菜农在甜椒定植后没几天就覆盖地膜，8月份甜椒定植时，棚内温度较高，若覆盖地膜地温更高，不利于根系生长，根系弱了极易出现死苗现象，应该是在10月中旬开始覆盖地膜，促进根系深扎。
