目前，Bt杀虫剂与其他生物制剂复配的生物农药，有更广的杀虫谱，受到群众的广泛欢迎。但Bt杀虫剂在使用时一定要注意以下几点：
1、在田间应用上，要确保杀虫剂质量，要满足Bt菌迅速生长的温度条件，温度越高，致病力越强。要避开强烈日光，因为紫外线对Bt菌会造成伤害，最好在下午4点以后施药。
2、注意目标害虫的生活习性和敏感性，寄主作物和环境条件及增效剂的应用等。例如，防治钻蛀害虫应在卵孵化盛期，施药2~3次，特别是对螟虫，防治效果好。螟虫一旦蛀入茎中，防治效果就差。防治玉米螟，必须严格掌握在玉米心叶末期用药，方能收到良好效果。防治棉铃虫，应掌握在排卵高峰后2～3天施药，效果显著。群众有“治虫不见虫，打卵不打虫”的防治经验。这样，幼虫孵化时，一咬破卵壳就把杀虫剂吃到了肚里，很快中毒死亡。Bt杀虫剂残效期一般可达7～10天。施药后如果降雨，雨水会冲掉药液，应该重新喷洒。
3、施药方法可采用喷雾、喷粉、灌心、飞机喷洒等。无论哪种方法，务必施药均匀，保证害虫有吃食的机会，方能起到毒杀作用。
4、Bt杀虫剂加入微量的化学杀虫剂，或与其他微生物杀虫剂混合施用，可以起到协同作战的效果，能显著提高害虫的死亡率。
