1、养殖对象的健康主要通过预防措施（如优化管理、饲养、进食）来保证。所有的管理措施应当旨在提高生物的抗病力。
2、养殖密度不能影响水生生物的健康，不能引起其行为异常。必须定期监测生物的密度，并根据需要进行水质监测。
3、允许使用生石灰、漂白粉、茶籽饼和高锰酸钾对养殖水体和池塘底泥消毒，以预防水生生物疾病的发生。
禁止使用抗生素、化学合成的抗寄生虫药或其它化学合成的渔药消毒。
4、患病的水生生物，应优先采用自然疗法。
5、在预防措施和天然药物治疗无效的情况下，允许对水生生物使用常规渔药。在进行常规药物治疗时，必须对患病生物（水产）采取隔离措施。
使用过常规药物的水生生物必须要经过所使用药物的2个停药期后才能被继续作为有机水生生物销售。
6、禁止使用抗生素、化学合成渔药物和激素对水产品实行日常的疾病预防处理。要定期检查水产种苗的健康状况。
7、当有发生某种疾病的危险而不能通过其它管理技术进行控制，或国家法律有规定时，可为水生生物接种疫苗，但不允许使用转基因疫苗。
二、繁殖
1、应尊重水生生物的生理和行为特点，减少对它们的干扰。提倡自然繁殖。限制采用人工授精和人工孵化等非自然繁殖方式。禁止使用三倍体、孤雌繁殖和基因工程等技术繁殖水生生物。
2、应尽量选择适合当地条件、抗性强的的品种。如需引进水生生物，则在有条件时必须优先选择来自有机生产体系的。
