喷药、熏烟、灌根是防治病害最为常用的方式。喷药，能及时有效地防治蔬菜叶片、果实、茎秆等部位上的多数病害；熏烟，能使药剂均匀扩散到大棚内，防病更全面；灌根能使药剂与作物根部、土壤直接接触，杀灭病原菌。
喷药、熏烟、灌根，可以说各有各的优势。因而，合理应用这些方式，或者说将这些方式合理地配合起来，可起到事半功倍的疗效，是药剂防治蔬菜病虫害的重要内容。
如番茄细菌性髓部坏死病，在番茄茎秆内发展，为害番茄髓部。若单采用喷药，则很难控制病情的发生发展。其原因有二：一是铜制剂等防治细菌病可谓特效，但内吸性差，感病部分在髓部，喷施防治效果自然就差；二是抗生素类药剂，如链霉素，虽内吸性较好，但治疗效果差，因而单独喷施防治效果也不好。
而如果采用喷、灌结合，上喷下灌，则药液更容易传导或渗透至患病部分，治疗和预防效果会显著提高。灌根可用DT（琥胶肥酸铜）、喹啉铜等；喷药可用加瑞农。发病严重时，也可用针管灌入茎秆，防治病害。
再如，丝瓜烂花是令菜农最为头痛的一种病情。不仅是因为造成丝瓜烂花的病因多，还因丝瓜花娇嫩，易发生药害而干边。所以，在用药防治时必须讲究用药方式的配合，也不能单靠喷药来解决。实践证明，喷药与熏烟结合防治丝瓜烂花效果显著。
为防止病原孢子扩散传播，全面杀灭病原，可在用药的前一天晚上闭棚熏烟。烟剂可选用腐霉利烟剂、百菌清烟剂等，也可熏用菌核净，但用量不宜过大，以免引起药害，熏烟时间最好控制在8小时以内。第二天下午再进行喷药。针对不同病害，对症用药进行喷药防治。如绵腐病可用普力克、甲霜灵等，菌核病可用扑海因、和瑞等。
