在自然生态条件下，黄鳝具有极强的生命力和抗病力，而人工养殖条件下，由于饲养密度增大，易引发病害。黄鳝发病初期很难观察到，一旦病症明显已经很难治愈了，因此，鳝鱼养殖要坚持预防为主、防治结合。
1.梅花斑病。初期于伤口或弱鳝肛门附近等出现小红斑，继而扩大成豆粒大小的圆形或椭圆形斑，严重时尾部全部烂掉，漂浮水面而死。防治方法：经常在鳝鱼池内放几只癞蛤蟆，利用其身上所分泌的毒汁，可有效杀死病菌。
2.发烧病。高密度饲养情况下，黄鳝分泌粘液的速度加快，若换水不及时或换水有死角时，就会因粘液发酵而释放高热，引起黄鳝体温升高。病鳝相互缠绕翻滚，体表粘液脱落，头部肿胀、焦燥。防治方法：减少放养密度，池内增投部分泥鳅，利用泥鳅吃掉剩饵，又可利用它上下翻滚，减少黄鳝缠绕。另外，还要注意换水。
3.肤霉病。此病是由于放养密度过大和饵料不足而引起黄鳝互相残杀导致的，病鳝身上有绵霉状菌丝，体质瘦弱，很少摄食，终致衰竭而死。防治方法：用占池水重量万分之四的食盐和小苏打 （各占1/2拌匀），加水溶化后，泼洒全池。
4.毛细线虫病。黄鳝患此病较普遍，主要是由毛细线虫体寄生于肠壁粘膜层，破坏肠壁组织，引起肠壁炎症。病鳝体质瘦弱，食欲大减，严重时黄鳝常常挣扎窜跳。防治方法：每百公斤黄鳝用90％晶体敌百虫10克，拌入豆饼3公斤，制成药丸投喂，连续投喂3~5天即可。
5.缺氧症。此症多发生于高温天气，由于鳝池中温度较高，耗氧较多，导致鳝池缺氧，同时，因水面高温，黄鳝无法探头呼吸空气，导致黄鳝频繁探头于洞外，造成肌体呼吸功能紊乱，最终衰竭死亡。预防方法：经常巡池，抽查鳝体、鳝池水质，一旦发病，立即换水，并配合底泥加强增氧措施。
