这一阶段胚轴（子叶以下的幼茎）最易徒长，形成长脖苗。为了限制胚轴徒长，促进子叶肥大，辣椒播种出齐后，马上把气温降下来，白天22—25℃，夜间14—18℃。苗期猝倒病也会因为温湿度适宜而发病，所以除了降温，还要降低湿度。方法是待苗出齐后，在苗床上撒些细干土，可起到保墒、降湿的作用。在子苗期严禁浇大水，要尽量延长光照时间，促进秧苗健壮。
从第一片真叶顶心到3片真叶长出为小苗期。
小苗期地上部生长量不大，但根系发育较快，所以小苗期必需满足根系发育的条件，尽量增加光照强度和延长光照时间，提高地温。控制灌水，防止地温下降。
3片真叶以后到定植为成苗期。
成苗期生长量逐渐加大，根系发育旺盛，花芽及侧枝陆续分化，移苗缓苗后温度要降下来。特别是降低夜温有利于培育壮苗，提高花芽质量。成苗期的水分要充足。如果这个阶段控水蹲苗，就会形成老化苗。成苗期要根据天气情况适当灌水，灌水后放风、松土，如果营养不足（可观察苗情），适当进行追肥。要尽量改善光照条件，经常保持薄膜清洁。此期的防风管理也非常重要，要经常轮换防风口，促进秧苗整齐一致，健壮生长。
