辣椒属无限生长类型，边现蕾，边开花，边结果。辣椒根系不发达，根量少，入土浅，不耐旱也不耐涝，耐肥能力强，增施钾肥有利于提高辣椒的抗病性。辣椒为吸肥量较多的蔬菜，每生产1000公斤约需氮3.5~5.4千克、五氧化二磷0.8~1.3千克、氧化钾5.5~7.2千克。从出苗到现蕾、初花期、盛花期和成熟期吸肥量分别占总需肥量的5%、11%、34%和50%，从初花至盛花结果是辣椒营养生长和生殖生长旺盛时期，也是吸收养分和氮素最多的时期，盛花至成熟期，植株的营养生长较弱，这时对磷、钾的需要量最多；成熟果采收后，为了及时促进枝叶生长发育，又需大量的氮素肥。
根据辣椒需肥规律和土壤肥力的高低，温室辣椒施肥要重施基肥巧追肥。
每亩施入充分腐熟的有机肥8000千克左右，再加20~30千克的尿素、30~40千克的过磷酸钙、20~30千克硫酸钾、生物肥50千克、硅酸钙肥80千克、2千克硫酸锌、2千克硫酸铜和10~20千克硫酸镁或硝酸镁。老龄大棚，可增施一些酵素菌肥类生物有机肥。土传病害（特别是死棵病）严重的大棚，应增施一些芽孢杆菌类生物有机肥。
追肥一般要进行4~5次。当蹲苗结束，第一穗果长到核桃大小或2厘米长时，进行第一次追肥，亩施尿素15千克，硫酸钾8千克。当进入第一穗果（门椒）即将采收，第二层果实（对椒）和第三层果实（四母斗）膨大及第三层果实落花时，达到需肥高峰期，应重施第二次追肥，亩施尿素20千克，硫酸钾10~12千克。此后半个月左右进行第三次追肥，施肥量同第二次。15~20天后，进行第四次追肥，施肥量同第一次。以后可根据辣（甜）椒长势酌情追肥。
同时，在开花期叶面喷0.2%硼砂水溶液或龙灯喷效+优多硼或加拿枫硼1500倍液喷雾，可促进花器官发育，花壮，不易落花，提高坐果率。在整个生长期可多次喷0.3%~0.4%的磷酸二氢钾溶液或龙灯喷效+佳实百+龙灯叶爽1500倍液喷雾，可以预防根系早衰，防止裂果、畸形果、脐腐，促进果实膨大和着色，提高产量，改善品质。
