莲子含有丰富的营养成分，而且吸湿性大，一旦受潮，霉菌极易繁殖，莲子顶端长出白毛，同时害虫也乘虚而入，产卵孵化，蚕食莲子。因此，莲子的合理保存，对保持莲子品质及色泽甚为关键。
一、少量莲子贮藏方法
50~100公斤左右的少量莲子可以用土办法贮藏，贮藏前按每50公斤干莲子配1.5~2.5公斤干辣蓼草预备好，辣蓼草也要充分晒干去杂，将辣蓼草垫在容器内下部，上部盛装干莲子，然后加盖密封。这样莲子可以贮藏到第二年新莲子上市，一般不生虫，不霉变，色泽如新，质量完好。
二、大量莲子贮藏方法
目前，我国大城市专业经营单位多采用冷库贮藏莲子，也有的采用密封仓库和地膜地窖贮藏白莲，下面介绍综合贮藏白莲的方法。
1.分级贮藏：捅心不完全和黄瘦质差的莲子容易霉变和虫蛀，也难于保管，在贮藏时应将这些莲子挑出处理掉，然后再行贮藏。
2.药物防霉：二硫化碳对白莲能起充碳、抑制细胞活性的作用，对防虫也有一定的效果。使用方法是：将二硫化碳放入小布袋内，用棉线将棉布袋口捆扎好（扎得紧了，二硫化碳不易挥发），把它放入白莲内，60公斤通心白莲用二硫化碳20克。一般放一次药可保持3~6个月，不生虫，不霉变，并可根据贮藏时间长短，药量酌情增减。
3.莲子包装：莲子包装应选用防潮、吸湿性能较好的包装物。一般多采用麻袋和纸箱包装。如果用麻袋包装，麻袋事先要经过日晒方可使用，并要用六丝厚的薄膜袋作为内袋，通心莲也要经过翻晒冷却后再装袋。装莲子时一同将二硫化碳放进去。先将薄膜袋封口，再将麻袋锁口，锁口时不要划破薄膜袋。上油的纸箱可以防潮，又可避免鼠害。先做好纸箱，底部垫好一块纸板，以三丝厚的薄膜袋为内袋，然后将莲子和二硫化碳同时装入纸壳箱内的薄膜袋中，内袋封口，再放上一块纸板，用纸胶带封好。纸壳箱外面再加二根塑料带扎紧即可。
4.仓库选择及堆放：白莲是一种易受潮的食品，选用贮藏仓库时，应选择地势高，干燥通风的仓库。堆放时应堆放在货架上（货架离地面30厘米左右），并根据大门所向，留好通风道。堆放时，每行间隔30厘米左右，四周不靠墙。这样空气便于流通，便于检查，发现问题能及时处理。湿度较大时，可在货架下堆放3厘米厚的生石灰吸潮。堆放高度以不超过3米为好，因为堆放大高，容易出现挤破内袋，倒塌及包装变形，造成不必要的损失。
5.翻晒：在贮藏期间，发现白莲受潮或开始霉变，应及时选择晴天进行翻晒。干燥程度应达到莲子含水量在12.5%以下。
