原封储存
利用秸秆氨化所用的窖、堆、袋、缸等容器，原封不动长期保存。但要加强管理，防止塑料膜有破口，切忌灌进雨水，否则会霉变和腐烂。因为氨化好的秸秆，内部结构变得松软，养分也得到增加，在一定温度条件下，如氨气跑掉和空气进入，十分适应于各种微生物活动。低温时造成霉变，形成霉云;高温时，腐败菌等活跃会造成腐烂。最主要的是空气和水分，因此要严格控制这两个条件，即能不漏气、漏水。一旦出现漏气、进水，一定要抓紧时间晒干。
室内储存
打开氨化窖、堆后，必须迅速放氨晒干。晒干的氨化秸秆，可以像干草一样放进草棚储存。当然，储草棚也要防止漏雨，这和干草储存是一样的。
大垛储存
如果长秸秆氨化，可以在晒干后堆成草垛储存，具体方法同干草一样，最好能用塑料薄膜、席子、草帘等遮盖。保存3个月～5个月，营养物质的损失不会太大，特别是冬季保存更好。但在多雨季节，这种方法是不适宜的。
