莴苣菌核病主要发生在茎部和叶片上，以生长中后期发病为主。一般先从中部叶片发病，刚开始叶尖出现水浸状褪绿斑，之后病斑逐步向下扩展，导致病叶软腐。由于莴苣生长中后期叶片紧凑，病叶软腐后搭在下面的叶片上，使病菌迅速扩散。病菌侵入茎部后，先出现不规则稍凹陷斑，以后逐渐发展为环茎腐烂。湿度大时病部产生棉絮状菌丝体，后期菌丝体交织形成不规则状的菌核。通常偏施氮肥特别是速效氮肥，棚内种植密度过大，通风透光条件差，地势低洼、排水不良的田块发病重。
防治莴苣菌核病，重点要把好以下四关。（1）种植前把好传入关。选择地势高、易排水、土壤肥沃的沙壤土地种植，播种或移栽前用50%甲基硫菌灵可湿性粉剂与细土按1∶30的比例拌匀消毒。（2）栽培过程中把好预防关。地膜覆盖栽培，将土壤中的子囊盘阻断在地膜下，使其不能完成发育过程；起高垄栽培，带土定植；及时清除老叶和杂草，减少病菌传播途径；加强肥水管理，基肥以腐熟有机肥为主，增施磷钾肥，合理使用氮肥，增强植株抗性；适当控制密度，每亩栽6000株为宜，以利于通风透光。（3）发病后把好药剂防治关。药剂防治要早，掌握在发病初期用50%腐霉利可湿性粉剂1000～1200倍液，或40%嘧霉胺可湿性粉剂600倍液，或40%菌核净可湿性粉剂800倍液，或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液喷雾，每隔5～7天一次，连续防治3～4次。病株应及时拔除，并带出田外深埋或烧毁。（4）收获后把好残留关。收获后及时清除残叶，深翻土壤25厘米以上，将病菌埋入土壤深处，抑制子囊盘出土。夏季利用高温杀菌，即5—6月深翻土壤20～30厘米，耕地时尽量形成立垄，在地面均匀撒施2～3厘米长的麦秸或稻草，再浅耕一遍，平整地面，浇透水，然后在地面上覆盖一层旧棚膜，用土压实四周，7～10天后揭去棚膜；也可以在麦草中掺入适量生石灰，每亩不超过300公斤，以加速麦草腐熟，起到放热升温和保持土壤酸碱平衡的作用。该方法能使5～10厘米土温升至40～60℃，杀死土壤中的有害生物。
