洋葱紫斑病属真菌性病害，病菌在南方温暖地区可以分生孢子周年危害，在北方寒冷地区以菌丝体在寄主体内或随病残体在土中越冬，次年条件适宜时产生分生孢子，通过气流或雨水传播。病菌从植株气孔或伤口侵入，也可以直接穿透表皮侵入，发病后病部产生分生孢子进行再侵染。发病最适温度为25～27℃，12℃以下不发病。病菌萌发和侵入需要有雨水或露水，雨水多、结露时间长、雾大发病重。病田连作、低洼地、浇水过多、肥料不足、生长不良、害虫造成的伤口多，发病也重。
洋葱生长期间发生紫斑病，应及时摘除病叶，带出田外深埋，并在发病初期选用58％甲霜·锰锌可湿性粉剂或杀毒矾64% 霉·锰锌可湿性粉剂500倍液，或50％异菌脲可湿性粉剂1500倍液，或75％百菌清可湿性粉剂500～600倍液喷雾，每隔7～10天一次，连续防治3～4次，注意交替用药。每10公斤药液中加入5～10克中性洗衣粉，可以增加药液的黏着性。为防止紫斑病在储藏期继续危害，洋葱应掌握在葱头顶部成熟后收获，晾至鳞茎外部干燥后储藏，窖温控制在0℃，相对湿度控制在65％以下。
预防洋葱紫斑病，应加强管理培育壮苗，增强植株抗病能力。播种期以9月下旬至10月上中旬为宜，选择土壤疏松肥沃、保水能力强的田块育苗，选择地势高燥、土壤肥沃、易排水的田块定植。施足有机肥，增施磷钾肥。另外，洋葱种子也会带菌，播前可用50℃温水烫种，消灭菌源。
