1.鸡舍消毒：大型鸡场在鸡全部出栏后，应彻底清除粪便杂物，用高压泵、喷枪等将鸡舍墙壁、天花板、鸡笼架及一切饲养工具彻底冲刷干净，然后用3%的烧碱和20×10-6二氧化氯消毒水交替清洗3次，每隔3天一次。雏鸡入舍后，选择消毒药，如百毒杀、过氧乙酸等进行带鸡喷雾消毒。
2.孵化室消毒：孵化室、出雏室每日彻底消毒、孵化机和出雏器整装整出，便于彻底消毒；种蛋在孵化前用福尔马林熏蒸消毒。
3.免疫接种：用于该病的菌苗有弱毒菌苗和灭活菌苗。弱毒菌苗可群体使用，其作用是刺激机体产生细胞免疫和以菌苗毒株替现场毒株占领气管等部位，从而阻断垂直传播。一般免疫前后5 天不能使用抗支原体药物；蛋鸡在产蛋期不宜接种。灭活菌苗比较安全，尤其在种鸡群的净化方面是必不可少的，能有效地阻断经蛋垂直传播。
4.药物治疗：鸡支原体没有细胞壁，青霉素类、头孢菌素类等影响细胞壁合成的药物对其几乎没有影响。目前用于治疗该病的药物主要有两大类，一类是传统的抗生素，另一类是喹喏酮类化学药物，它们对该病都有较好的治疗作用。研究显示，强力霉素、双氟沙星等药物对治疗鸡支原体及由鸡支原体引起的慢性呼吸道病疗效显著。
