1．池塘在春天注水后使用。鱼塘清塘后，向塘里注水，667平方米（1亩）水面用1～2公斤EM菌代替石灰均匀喷洒，可达到净化水体的目的。用时要注意两方面：一是要等到清塘药物毒性消失后喷洒；二是不能和石灰同时使用。
2．定期在池塘中使用。在鱼种放养后，667平方米用1公斤“调水王”泼洒水面，开始15天1次，以后1个月1次，若发现水质有恶化迹象，用量应适当增加。
3．投喂颗粒料时使用。由于EM菌具有节省饲料、降低成本、提高水产品品质等功能，所以在投喂颗粒饲料时，可先用较高浓度的EM菌稀释液喷洒颗粒饲料，以喷湿为度，喷完后立即投喂。
4．鱼塘使用粪肥时使用。使用粪肥的同时施用EM菌，效果会更佳，不但可以除氨去臭，还可以杀灭有害菌。
5．防治鱼病时使用。在鱼病季节到来之前，如“大麦黄”时，草鱼肠炎病流行，此时若用EM菌拌饵，能够有效地预防鱼类肠炎病的发生流行。
二、使用EM菌时应注意的事项
1．EM菌不能与杀菌药物、抑菌药物同时使用，若要使用，应相隔5天以上。
2．EM菌应持续使用，一般间隔15～30天使用1次。
3．水质恶化、底质污染严重的要加量使用(也可以配合其他的化学性改底产品如“底净宝”使用)。
4．EM菌应在晴天上午使用，因为EM菌的活化和繁殖需要耗氧，防止造成池水缺氧。
5．EM菌应在常温下避光保存。
