首先，整枝打杈要避免在早晨未通风前棚内湿气较大的环境下进行。一般情况下，上午9时以前棚室尚未通风，湿度较大，若此时整枝打杈，伤口难以干燥，易感染细菌性病害。因此，整枝打杈最好选在上午通风后进行。
其次，整枝打杈要避免在阴雨天进行。阴雨天棚内湿度长时间居高不下，最易造成细菌性病害的发生。若在此期内整枝打杈，留下的伤口极易染病。因此，蔬菜在整枝打杈时一定要选择晴好天气。
再次，整枝打杈要避免在浇水后立即进行。浇水后1~2天，棚内湿度较大，此时也不宜进行整枝打杈，最好在浇水3天后棚内较干燥时再进行。
另外，还要注意在进行整枝打杈前，喷一遍保护性药剂如72%的农用链霉素3000倍液、75%百菌清600倍液混加琥胶肥酸铜（DT）500倍液等，可有效防治病害暴发，做到防患于未然。
