首先，番茄侧枝不能疏除过早。实践证明，番茄侧枝过小时，其所制造的营养大于消耗的营养，所以这时不应该将其疏除，尤其是当植株的叶片没有完全覆盖地面时。为充分利用侧枝制造的营养，以侧枝长5cm左右时疏除为宜。而对于番茄每穗花下部的第一侧枝则应适当早疏除，应在长3cm左右时就疏除。如果番茄每穗花下部的第一侧枝不及时疏除，由于其长势很快就会超过主枝，从而使大量的营养浪费。
其次，番茄侧枝疏除不能过晚。如果番茄侧枝摘除过晚，侧枝长5cm以上，就会与主枝剧烈地争夺养分，并且长势也会逐渐超过主枝。侧枝疏除过晚还会造成侧枝的韧皮部老化，由于侧枝与主枝的韧皮部连接紧密，在疏除侧枝时容易将主枝的表皮弄破，给番茄生长造成影响。
另外，在疏除番茄侧枝时，不能留桩，以防从同一叶腋处再次萌发侧枝。
