第一，将棚内食用菌废料全部清除，地面打扫干净。若不清理棚内的食用菌废料，不仅容易滋生杂菌，导致棚内病原菌孢子量增大，不利于消毒，而且菇蝇等食用菌害虫也大量繁殖，为以后食用菌生产埋下了隐患。
第二，进行药剂消毒。可选择硫黄、甲醛-高锰酸钾、二氯异氰尿酸钠等熏蒸杀菌。这三者之中，硫黄燃烧后产生的二氧化硫能够起到杀菌、杀虫的双重作用，但使用时产生的二氧化硫容易与空气中的水蒸气接触形成亚硫酸，腐蚀菇棚内的钢丝等。使用甲醛-高锰酸钾消毒时，则要注意先倒粉剂后倒水剂，即先将高锰酸钾倒入容器中，然后将甲醛倒在高锰酸钾上，以免甲醛与高锰酸钾反应剧烈，药液溅到身上。二氯异氰尿酸钠使用方法最为简单，只要按照每立方米空间3克的用量、每亩15～25个点将药剂设置在棚内，点燃即可。
有条件的菜农可先将菇棚上部的棚膜撤掉，利用紫外线杀菌，同时通过雨水淋洗，在自然条件下让土壤中的有益微生物大量繁殖，抑制菇棚病菌的发生，在新料进棚之前再用药剂消毒。使用臭氧消毒机杀菌消毒的菇农要注意，因为臭氧消毒机功率不同，杀菌范围也不同，对于面积较大的菇棚，应先用棚膜隔开，分段消毒，以保证消毒效果。
第三，及时通风换气。当菇棚杀菌消毒完成后，要注意及时通风换气，将棚室内的有毒气体排到棚外。
