刚产出的鸭蛋外壳上有１００—３００个细菌，１小时后达到５０００—６０００个，尤其在高温季节细菌繁殖快，容易经蛋壳上的气孔进入蛋内，造成污染，如不消毒势必影响孵化。消毒方法可选用０·０２％高锰酸钾或５％新洁尔灭溶液，用４０℃左右的温水配制洗涤种蛋，晾后入孵，消毒液要经常更换，现配现用，也可选用福尔马林熏蒸消毒，每立方米用福尔马林２８毫升，高锰酸钾１４克，熏蒸２０分钟，然后打开门窗，尽快将气体排除。
2、及时入孵或合理保存种蛋。
南方地区６—９月份平均气温在２７℃以上，当温度高于２３·９℃时种蛋胚胎就会发育缓慢，甚至衰老死亡。不能及时入孵的种蛋应存放在种蛋贮藏室，有自动控制温度、湿度与通风的设备，以及有翻蛋装置。贮藏温度在１０—１５ ℃。
3、适当调低机内温度。
一般０—３天胚龄３７·８℃，４—７天胚龄３７·５℃，８—１４天胚龄３７·６℃，１５—２０天胚龄３７·５℃，２１—２５天胚龄３７·２℃。２６天胚龄上摊床。
4、适当增加凉蛋和喷水的次数和时间。
从第８天胚龄起每天喷水一次，１２天胚龄起每天喷水二次，从第１６天胚龄起每天喷水三次，直到上摊孵化。５天胚龄以后每天早、晚各凉蛋一次，每次约２０—２５分钟，使蛋壳温度下降到３２℃左右，然后开机孵化。
5、严防超温孵化。
由于目前大多数孵化场并未安装空调，高温季节室温常达３０℃以上，所以种蛋胚胎发育到１６—１７天胚龄后，由于胚胎自身产生热量，容易超温，即使孵化机内发热装置长期处于断热及通风孔全部打开，仍无法把胚胎发育的代谢热全部排出，这种情况下就应把前后机门打开一条约几厘米的缝隙，以加速排热，这样可以防止超温。
