马铃薯属于无性繁殖的作物，通常利用块茎作种，多种病害极易通过块茎世代传递和扩大危害，而且马铃薯种薯用量大，繁殖系数低，运输和贮藏要求高。因此，马铃薯种薯繁育工作一定要从“质”和“量”两个角度同时入手。在提“质”方面，主要是降低品种退化速度，保持品种特性;在提高“量”方面，主要采取有效措施实现高倍繁殖，加速新品种的推广利用。
提高马铃薯种薯繁育质量的方法
提高马铃薯生产水平的主要方法，除了加大抗病品种选育研究、用种子生产实生种薯等途径外，重点应搞好马铃薯良种繁育工作，特别要注意防止混杂和感染病毒病或其他病害，以保证纯度和质量，确保种薯健康无病毒。
选优留种法
去杂去劣留种 该方法经常应用在退化现象轻微的留种田。在马铃薯整个生育期中一般要进行3次去劣去杂。第一次是在出苗后15天将卷叶、皱缩花叶、矮生、束顶等病株拔除。这次病株拔除是至关重要的，因该阶段幼苗最易感病，早拔除病株可以早消灭毒源，防止扩大浸染。第二次是在花期拔除退化株或病株以及花色、株型与栽培品种有显著差异的杂株。第三次是在收获前将矮小株或已经枯死的病株拔除，并在收获后将畸形薯及发生病害的薯去除，将那些具有原品种典型性状的种薯妥善处理后保存入窖。
单株混合留种 该方法主要通过在花期对那些生长发育良好且表现原品种典型性状的植株进行标记，并在生育期内复查2～3次，一旦发现已标记植株患病或有其他异常，应立即清除。在收获前认真复查一次，把生长发育良好的标记种薯统一采收，将具有原品种典型性状的块茎收集在一起，作为种薯供下年使用。
株系选种 第一年进行单株选择，其方法与前述的单株混选相同。将收获的单株块茎分别装袋贮藏。第二年进行株系比较，连续进行2～3代比较。每个入选单株块茎种10～20株，形成一个株系(最好用整薯播种)。生育期间经常观察，淘汰感病株系，选择高产、生长整齐一致、无“退化”症状的株系作为下一代的入选优良株系。第三年或第四年将选得的优良株系块茎扩繁后作种薯。
夏播留种法
该方法为单季栽培地区常用的留种方式之一。这些地区马铃薯播种一般集中在4月底或5月初，而蚜虫作为马铃薯间传毒的主要害虫，其在盛夏高温季节大量繁殖迁飞，导致马铃薯病毒病严重，种薯质量低。若把种薯的播种时间推迟到6月底至7月中旬，出苗后蚜虫已大量减少，而8月雨水较多即使有少数有翅蚜虫，在多雨季节也不易迁飞，传毒机会减少，因而可有效避开蚜虫传毒高峰期，提高种薯质量。
实生种薯生产
用种子生产的实生薯，一般在种植3年后增产优势即表现不明显。为保持实生薯持续的增产能力，需在连续种植3年后重新开展育苗工作，及时更换实生薯。主要方法是用实生苗生产的实生薯建立留种田，通过留种田生产的种子为大田生产提供种薯。
提高马铃薯种薯繁育数量的方法
在常规生产中，马铃薯按块茎方式繁育，繁殖系数一般为10～15倍。因马铃薯具有多器官均可繁殖的生理特性，在实际生产中可充分利用其芽眼和芽进行繁殖，全面提高马铃薯繁殖系数，若操作方法得当，繁育系数一般能提高到数百倍甚至数千倍，可加快良种生产进程。
切单芽块法
马铃薯块茎每个芽眼上都至少有一个主芽以及2个以上的副芽，当主芽萌发时，副芽发育会受到抑制，而当主芽发育被破坏后，副芽则可萌发并同样发育成植株。该方法是充分利用块茎上每个芽眼中的多个副芽，提高繁育数量。具体操作方法：在播种前1个月，将种薯放置于20℃左右的环境中进行催芽。待种薯萌发出芽时，按芽对种薯进行切块。切芽时先由基部开始，按芽分布的部位呈螺旋状向顶部削切。基部芽眼稀疏，切块可适当大些，可由芽眉中间纵向切开，将芽眼切成2块，单个切块重量保持在20克以上，这样可提高种薯利用率30%左右。
掰芽育苗法
某些新引入或新育成的品种，往往种薯数量偏少，应用该方法可快速提高种薯的数量，为大量繁殖提供稳定的原种薯源。具体操作方法：于马铃薯播种前2～3个月，将种薯放于温室或温床育苗，为防止芽苗徒长，要适当加强光照。待芽长15厘米左右时，即可开始掰芽。掰芽时，将芽苗小心地由种薯芽眼基部掰下，栽到适宜的温床上，栽植深度一般为芽苗高的1/2左右。
随后将掰去芽的种薯放回原处，并保持适宜的温度、湿度继续催芽，促使其他副芽萌发，并进行多次掰芽，一般单个种薯可掰芽3～4次。最后将所掰的芽和薯块分别栽培到生产地块。
