目前，棉花即将进入花铃期，也是黄萎病发病高峰期。该病适宜发病的温度是25～28℃，低于25℃和高于30℃均不利于发病，发病轻重与湿度有密切关系。即多雨年份或适温高湿条件利于发病。长期连作的棉田，管理粗放的或者地势低洼，排水不畅的棉田发生较重。
防治措施可分农业防治和化学防治：
农业措施：
1、选用抗性和耐性较好的品种，根据观察发现，生长势旺的、坐桃不集中的对黄萎病抗性较好。
2、实行轮作倒茬，可采用棉花―小麦―大豆或棉花―小麦―玉米轮作。
3、平衡施肥，增施有机肥，增加钾肥，可提高棉花植株生长势，增强抗病能力。
4、清洁棉田，把带病棉秆、枯枝落叶彻底清除，集中烧毁，不能用以沤肥，以防粪肥传病。
化学防治：
1、对非包衣种子应用硫酸脱绒和药剂消毒处理。①硫酸脱绒：将1kg粗硫酸加热到110～120℃，倒入装有 10kg 棉籽的陶瓷缸或瓦盆内，边倒边用木棍搅拌约10min，至棉籽外的短绒脱净，变黑发亮，随即将棉籽移入清水中冲洗到水色不显黄，水味不显酸，再将棉籽捞出晾干播种。②多菌灵浸种：用多菌灵胶悬剂0.3%～0.4%溶液，在常温下浸棉种12～14ｈ，能消灭种子内外的病菌，还能减轻苗期病害。
2、棉田发现病株应立即拔除，连同地面的病枝、落叶一并清除，携出田外烧毁。拔除病株后，对病土进行药剂处理。可用多菌灵等处理土壤。
3、发病初期，可采用灌根+叶面喷肥的办法，对轻病株及早用70%甲基托布津500～1500倍液，或用多菌灵1000倍液灌根，可获70%的防治效果，对促进病株恢复健壮，均有明显作用。叶面喷洒0.3%磷酸二氢钾或1%～1.5%尿素溶液，可增强植株抗逆性，减轻危害。
