首先是伤根严重。因为采用使用的穴盘空间有限，辣椒根系长到一定程度时就会从盘底的透水孔长出，在育苗床的土壤中扎根继续生长，菜农在频繁移动穴盘时就会将辣椒幼苗底部的根系全部切断，使得根系短时间内无法吸收到足够的水肥，致使每移动一次辣椒就要缓一次苗。同时辣椒根系不发达、再生能力弱，根系受伤后长出新根的速度较慢，再次下扎深度也有限，导致辣椒抗逆性低。移苗时根部形成的伤口也容易侵染病菌，如果辣椒一旦感染根部病害，尤其是疫霉根腐病等病害，会导致辣椒定植以后出现大面积死棵。
其次是容易形成小老苗。辣椒的苗期过长，幼苗幼苗茎杆出现木栓化，叶片变黄，根系生长速度缓慢，萌发新根的能力变弱，就会导致定植时缓苗慢，辣椒生长势变弱。
再次是花芽分化不良。辣椒幼苗从长到3～4片真叶时就开始进行花芽分化，这时若频繁移动幼苗，就会因为伤根严重，营养供应不足而导致花芽分化不良，在定植后畸形果多，辣椒前期产量低下。
因此，辣椒育苗时不能频繁移动穴盘，如果因为育苗过早，倒地不及时而要延长育苗期，可以将其移动到较大的营养杯中，这样即可减少移动穴盘的次数，避免移动穴盘伤根、影响花芽分化，当辣椒秧苗达5～8片叶时定植即可。
