除草剂害：蔬菜幼苗对多种除草剂极为敏感，误用除草剂、除草地膜或使用喷过除草剂的喷雾器都会造成秧苗受害。蔬菜受除草剂为害后很难补救，即使能恢复生长也将会造成减产减收。
预防措施1、合理选用除草剂。2、不可长期单一使用一种除草剂，要交替用药，以防杂草产生抗性，提高除草效果。3、用药量要精确，应比陆地少20%-30%，注意通风、透气。4、用药时间，播种前、定植前、播种后出苗前。
药害：日光温室蔬菜生产由于空间小、密闭性好，农药使用不当易产生药害。药害表现为叶缘枯焦、叶片黄化、皱缩老化：急性药害喷药后几小时或3―4天表现为烧伤、凋萎、落叶、落花、落果。慢性药害，经长时间才表现，由于生理活动受抑制，使植物生长不良，叶片畸形，成熟推迟，果实风味变。主要原因是：1、施药时未做到对症下药。2、施药剂量超标、浓度多大。3、施药时间没把握好。4、将不能混配的农药混合使用。5、用了伪劣农药。
防止药害发生；1、对症下药、使用低毒农药。2、不在作物耐药力弱的时期用药如苗期、花期。3、避免在炎热中午施药。4、正确施药技术，严格按照规定浓度、剂量用药，科学合理混配农药，施药次数、时间、重复间隔要合理。补救措施；1、种芽、幼苗轻微受害，可适当补施氮肥每亩5千克，以促进幼苗生长。2、叶片或植株受害，浇水并每亩使用硫酸钾4―5千克。3、加强中耕，促进根系发育。
氨害：氨害是日光温室内空气中的氨气浓度达到一定程度时对蔬菜造成的危害。蔬菜发生氨害时，常表现为叶片急速萎蔫，随之凋萎干枯呈烧灼状。防治方法首先是要选连续晴天时结合浇水追肥，饼肥和其它有机肥要及时翻入土内。其次是要在追肥后及时通风，防止氨气积累。可以用pH试纸检测温室内的氨气含量。用pH试纸沾取棚膜上的水珠，当pH值＞7时，说明氨气存在，要及时放风。当pH≤7时，说明温室内无氨气。
寒害和热害：日光温室生产不注意保温和增湿易造成寒害，温度过高又易造成热害。一般只要落实好常规的保温措施，温室内温度不低于0℃就不会直接冻死蔬菜苗，但是一些喜温蔬菜如黄瓜、茄子等，当夜间温度连续5天低于8℃时会出现寒根，进而导致沤根死苗。防止寒害要按标准建棚，并在门上挂帘，加盖草帘。热害多是人为原因造成的，如晴天中午不注意放风，致使温室内温度高达40℃以上，幼苗过度失水而干枯。只要勤看温度计，超过要求温度及时放风降温就不会发生热害。
病害：日光温室中温度高、湿度大，有利各种病害发生。实践中防治病害采取农业防治和化学防治措施并举，采用种植抗病品种、种子消毒、增施有机肥、起垄栽培、放风、扣地膜和膜下暗灌等农业措施，都会减少病害的发生。
闪苗：天气连阴几天骤晴，就急于拉开草苫晒苗，常造成植株突然萎蔫，甚至全株死亡，群众俗称“闪苗”。预防“闪苗”，一是阴天期间仍要坚持拉放草帘，可晚拉早放，天气寒冷可在温室前坡前端和后坡尾部将草苫卷起1米左右，让秧苗接受一些散射光；二是天气骤晴后，在早晨太阳出来到10点前全部卷起草苫，不要放风，10点后阳光增强时放下一半草苫，如果秧苗出现打蔫时，可以向蔬菜苗上喷洒清水，提高温室内空气湿度，防止叶片失水。这样要连续观察2―3天，直到秧苗适应晴天后才可转入正常管理。
气害：气害是指有害气体对温室蔬菜造成的危害。有害气体多是人为因素造成的，如温室内生煤火或烧木柴产生大量烟雾和SO2气体。用烟雾剂农药熏棚时药量过大也会对蔬菜秧苗造成危害。要防止气害，一是温室加温必须用烟囱，防止有害气体进入温室。二是熏棚时严格按药剂使用说明确定用药量，不要盲目加大药量。
