一般认为，卤素、酚类、醛类及氧化剂，对各类病毒芽孢及霉菌均有效；亲脂病毒对常用的大多数消毒剂敏感，都能被抑制或杀死；亲水病毒，对消毒剂都具抵抗性，某些消毒剂无效。
2.微生物对消毒剂的敏感性
不同的微生物对不同类的消毒剂的敏感性不同，应该根据养殖场周围的微生物流行特点及消毒目的选择消毒剂。如革兰氏阳性菌比革兰氏阴性菌对消毒剂更敏感。
3.正确选择消毒处理剂量
一般认为，消毒处理剂量和消毒效果及其副作用都成正比。但是除了酒精外，几乎所有消毒剂浓度越高作用越强，一般常使用对组织不起刺激反应的高浓度消毒液。
通常厂商标示的浓度过低，或有效成分不足，或成分不稳定，从出厂至临用时有效成分已丧失不少。故使用浓度宜比指示浓度稍高。
4.消毒作用时间与理化因素的影响
消毒时必须有足够的作用时间。稀释过的消毒剂要一次用完，并将原液储存于冷暗处。
温度可直接影响杀菌效力，温度升高可以显著增高除卤素外的消毒剂的消毒作用。
氯及酚类消毒剂的消毒效力在酸性时比碱性时好，而阳离子表面消毒剂则正相反，因此消毒剂中一般加有缓冲液。
熏蒸消毒时，环境中的湿度影响消毒效果。
金属离子的存在对消毒效果也有一定的影响。
5.消毒剂的更换
不要永久使用同一种消毒剂，每种消毒剂各具特性，其能杀灭的病原种类也一定。久用一种，可能使一些该剂无法杀灭之病原大量增殖，所以常用复式消毒，定期换用各种不同消毒剂。
6.不能盲目相信消毒的效果
有条件的养殖场可以对消毒效果进行科学的监测。
要充分认识到，在动物疫病的防控工作中，消毒不是万能的，完整的防疫措施，必须配合卫生管理、免疫及药物防治，才能控制疾病发生。
