转基因抗虫棉的源库关系失调，突出表现在易早衰等问题由于抗虫基因（Bt）的导入，新的抗虫基因给棉株带来额外的生理消耗，如植株的棉铃重增加而叶源和根量均下降，根系生理活性较弱，尤其在结铃后期，抗虫棉根系生理活性全面下降，而根系是整个棉株生育健壮的基础，在根库下降的同时，抗虫棉株地上部库器官的活性可增强了，如单株成铃率高，结铃较早，内围和下位结铃率高等，这样一来，由于源库关系的失调，抗虫棉普遍表现出易早衰的问题。另外，抗虫棉在结铃盛期后的碳氮代谢也出现失调，在初花期和盛花期根系吸收力还强，表现氮素代谢旺盛，而之后，“根源”的吸收，同化运输功能的降低，同样要表现出早衰现象。可以说，源库关系失调是导致抗虫棉容易早衰的直接原因。根系功能的过早降低和碳氮代谢失衡是棉株早衰的根本原因。
抗虫棉对钾肥的供应比较敏感在生产中农技员和棉农们均已发现抗虫棉比常规棉更容易出现缺钾症状，通过试验证明，在低钾水平时，抗虫棉（如新棉99B）的干物重显著降低，而且降低的幅度比常规棉（如中棉所36、35）要多降50%～60%，抗虫棉对低钾敏感的主要原因，是根系形态及吸钾能力的降低。随着生产中转基因抗虫棉的大面积推广，更加重了棉田缺钾的现状。而且，科技界初步认为，缺钾可能是当前棉花早衰的重要原因之一。因为近年来的一些施肥试验结果表明，钾肥供应充足可以延缓叶片的衰老，有的试验结果还证明，关键时期供钾充足可以使棉铃发育期延长25天左右，单铃重增加0.2～0.5克。这说明合理施钾肥可以防止棉花早衰。
钾肥的施用时期针对施钾可以缓解抗虫棉的早衰问题而有利于提高棉花产量，农业大学化控研究组又进一步对钾肥施用时期和施用量的分配等运筹问题进行了探讨，结果说明，在施钾量为6～8公斤K2O/亩的水平下，硫酸钾的效果好于氯化钾，为了克服棉株早衰问题，钾肥的施用时期要分基肥和追肥两次进行，而且，追肥要延至盛花期施钾为宜。两次钾肥的分配比例以“40%基肥+60%追肥（盛花期追施）”为优。这种钾肥施用时期上的“前轻后重”的分配特点，是针对延缓早衰问题的，为了充分利用钾营养的生理功能，强化抗虫棉后期光合产物的合成和运输所设计的。其合理性是通过大量试验结果的比较而筛选出来的。这种施钾技术与以往的不同，在钾肥运筹上对基肥施钾的比重明显调小了，基肥施钾只占40%，而追肥施钾的比重增加到60%，而且，将追施钾肥的时期调晚到盛花期。如果回望一下，与以往高产棉花的施钾分配有3方面的不同点，一是施钾量普遍提高了；二是基追钾的比例是基肥轻、追肥重；三是追肥时期后延至盛花期，而过去高产棉花管理强调，追肥要在蕾期进行。
