晚清园最大的危害就是为病原菌繁殖越夏创造了条件。晚清园，病原菌等在棚室内生存繁殖的时间更长，病原菌数量更大，度过炎炎夏日后，也就能有更多的病原菌保持活性。西瓜生长期相对较短，从定植到头茬瓜采收只有两个多月，其余的时间，棚内处于歇茬期，没有寄主，病原菌等自然就无法快速繁殖。经过一个炎炎夏日，长时间的高温加上人工化学药剂处理等措施，杀灭了更多的病原菌。病原菌数量少，发生病害的可能也就降低了。
这在根结线虫上表现的特别明显。根结线虫是拱棚种植区面临的首要病害。根结线虫繁殖的速度很快，只要西瓜还未拉秧，根结线虫就会不断地进行繁殖。据研究，完全相同的两个棚室，完全相同的管理措施，相同一个棚结完头茬瓜后立即拉秧清园，另一个则等到结完二茬瓜。两年后，仅结完头茬瓜的棚内土壤中线虫数量明显减少，而结完二茬瓜的棚内线虫则更加严重了。这是因为，根结线虫的发生、繁殖需要一定的时间和温度条件。早春季节，棚内地温较低，线虫繁殖相对缓慢。温度升高后，线虫繁殖加快，但西瓜头茬瓜采收可以尽快完成，拉秧清园，线虫没有了繁殖的条件，数量开始减少。而另外一个棚因为线虫有生存、繁殖的条件，线虫数量不断增多，度过夏季的数量更多，发生可能性也就更大。
尽早清园、施肥、消毒等，可以让地力更好地恢复，有利于下茬蔬菜的生长。因此，在头茬西瓜采收结束后，尤其是有根结线虫发生的棚内，要尽快清理棚室内的植株，减少病原菌、线虫等繁殖的机会，减少棚内的病原物数量，对于减少病害发生有利。
