(1)土壤有机质长期处于淹水状态，分解不彻底，硫化氢、甲烷等还原性产物多，影响根系生长发育。
(2)土壤速效养分不足，特别是磷素缺乏，土温偏低，磷的吸收受阻，常常使秧苗因缺磷而发生僵苗。
(3)微量元素缺乏，特别是有效锌缺乏，也会引起僵苗现象。为防治水稻僵苗，应采取综合防治措施：开沟排水，降低地下水位，增加土壤通透性，增加土壤氧化性能，提高土壤的保肥能力，使还原性有害物质减少，利于发根。此外，采取烤田、晒田办法，提高地温，促进氮磷的释放和吸收，对缓解僵苗亦有利。施肥方面，要施用腐熟好的农家肥，作物整个生育期注意氮肥供应，防止作物出现早衰现象。插秧时施足速效磷肥，可以减少因磷缺乏引起的僵苗。在缺锌引起僵苗的土壤上，注意锌肥的施用。磷肥与锌肥有拮抗作用，即互相降低肥效，但氮与锌之比小于30使不会发生拮抗作用。总之，水稻僵苗现象是多种原因造成的，必须采取综合防治措施，才能收到显著效果。
