疫病 疫病是保护地韭菜的主要病害。受害部位均出现水渍状，叶片与花薹病部为深绿色，而根与鳞茎则为淡褐色，病部均无明显边缘。潮湿时病部产生白色稀疏的霉层，干燥时病叶变成枯黄色。染病的植株根、茎软腐不能正常吸收水分和养分，致使地上部分折倒或干枯。疫病的发生与排水有关，防治时要注意排水降湿，在发病初期可用25％瑞毒霉600倍液，或58％甲霜灵锰锌500倍液，或40％乙磷铝200~300倍液，72%普力克1200倍液，72%克露可湿性粉剂600倍防治，每亩用药液40~50公斤，隔7~10天喷1次。
灰霉病 发病时先由叶片尖端向下发展，发病初期叶片正面和背面产生白色或淡褐色花斑。随着病情的发展，病斑扩大成梭形或椭圆形，最后病斑连片，病叶干枯。潮湿时病叶上产生灰至灰绿色密集的霉层。防治上除排水降湿外，可用喷雾法在发病初期，每次收后培土前都要喷药，轮换喷淋50%多菌灵或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液，必要时可选用50%速克灵或50%扑海因及50%农利灵可湿性粉剂1000～1500倍液，交替使用，每隔7天1次，连续防治2～3次。
根蛆 韭菜根蛆简称韭蛆，成虫叫迟眼蕈蚊。以幼虫聚集在非菜地下茎和柔嫩的茎部肯食为害，造成腐烂，地上部茎叶变黄、枯死。韭蛆一般每年有3个主要危害盛期，即4月上旬至5月下旬，6月上旬至中旬，7月上旬到10月下旬，其中以第三次危害最盛。防治对策：在成虫羽化盛期，用2.5％绿色功夫菊酯或2.5％敌杀死或20％杀灭菊酯3000倍液，于上午9～10时均匀喷雾，10天1次，连喷3～4次。杀灭成虫，减少产卵繁数量。药剂浇灌施药发现韭菜叶尖发黄，植株零星倒伏时，每667平方米用48％乐斯本200～250毫升对水1000公斤用卸去喷片的喷雾器顺垄喷入韭菜根部，3～5天见效，持效期25～30天。随灌溉水施药每667平方米用48％乐斯本300～500毫升对适量水制成母液，然后在入水口处慢慢注入水流中，使其随水流灌入韭菜根部。
生理病害 韭菜发生干尖、叶枯、死株现象，有时还与土壤酸化、氨中毒、高温及低温引起白尖烂叶有关，缺钙、缺硼、锰过剩亦会引起叶尖黄化，可有针对性地采取防治措施。
