“香蕉穗”形成的原因有很多，玉米最顶端的4-6节以下茎秆伸长节上的腋芽都可以分化成雌穗。正常情况下，只有前1～2腋芽可以发育成果穗，其余大部分在发育的过程中退化了。如果植株生长过盛，或主穗未发育，可造成这些潜伏茎的萌动，从而发育成多个小穗，这样就形成一株多穗，这个原理和生物学上去除“顶端优势”的道理差不多。
在玉米生长过程中，干旱和低温极易造成主轴死亡。玉米的主轴死亡后，果穗柄各节苞叶在养分积累较多的情况下，潜伏芽萌生新的雌穗，形成“香蕉穗”。另外，极端气候导致玉米花期不遇，主穗未授粉发育或发育不良，还有玉米扬花期阴雨连连，导致玉米花粉失去生命力，雌穗不能受孕，都可能形成无籽粒或籽粒很少的“香蕉穗”。
另外，玉米螟、蚜虫及玉米叶斑病等病害在损害玉米幼穗后也会导致香蕉穗的形成。
预防玉米“香蕉穗”的生成，农业上主要靠适期播种，播种时不贪早。春玉米则要避开早春的极端气温，要等到地温稳定在14℃以上再下种。二是要合理种植密度，玉米植株密度过大，则会导致部分玉米授粉不良，从而致使玉米“香蕉穗”的形成。三是要注意肥水，肥水过大，玉米植株营养过剩也会促使潜伏腋芽分化发育，从而形成一株多穗现象。
