对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫肥杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不宜撒施，用喷雾的方法效果更明显。
施用菌肥的最佳温度是25~37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。另外，有的还要掌握湿度，例如，固氮菌最适宜的土壤相对含水量是60％～70％。
不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀鲜红生物菌。应先施菌肥、隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合施用。还应防止与未腐熟的农家肥混用。
对于多年来施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代化肥不能一下子适应。因此，其取代量应做到第一、第二、第三年分别取代30％、40％、60％，磷、钾肥只能补足，不能减少。
生物菌肥不是速效肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7~10天施用，效果最佳。
