危害平菇的杂菌主要有绿霉、毛霉、曲霉、根霉、细菌、病毒病、细菌性褐斑病、黄斑病等，现就如何防治平菇绿霉和黄斑病简要介绍如下：
绿霉是侵害食用菌最严重的一种杂菌，凡是适合食用菌生长的培养基，均适宜绿霉菌丝的生长。平菇在培养料中灭菌不严格、接种时消毒不严格、出菇期环境卫生差，均能产生绿霉。绿霉侵入到培养料和菌丝及菇体内严重时即报废。
防治方法：
1、培养基内水份控制在60～65%，过高水份极易引发木霉；
2、保持环境清洁干燥，无废料和污染料堆积。保持出菇场所的卫生，菇棚保持通风，适当降低空气湿度，减少浇水次数，防止菌棒长期在高温环境下出菇，应干湿交替，菌棒应有较低的湿度环境养菌和转潮期；
3、及时采菇、摘除残菇、断根和病菇，清除污染菌棒；
4、用绿霉净注射绿霉处或用立信菌王或用菌绝杀注射。
其它病害的防治与防治绿霉的防治方法基本相似，只有用药有所选择。另外，在操作过程中对工具和手要用酒精或高锰酸钾严格消毒。
主要虫害有：多菌蚊（又称菇蚊或菇蛆）、瘿蚊、粪蚊、蚤蝇、果蝇、家蝇、食丝谷蛾、夜蛾、螨虫、线虫。它们主要在秋季的11～12月，春季3～6月是繁殖的高峰期，在温度适宜情况下，卵期5～7天，幼虫期10～15天，它们在料中取食、产卵、孵化，繁殖率极强，对平菇生产危害极大。
防治方法：
1、清除周围杂草、垃圾，保持菇棚周围环境卫生；
2、清除废料，远离菇棚；
3、用菇虫净、阿维菌素、菇净、杀虫源、敌菇虫喷洒或注射。
