忌用腐蚀性肥料 碳酸氢铵、氨水等，具有挥发性和腐蚀性，易熏伤种子和幼苗。过磷酸钙含有游离态的硫酸和磷酸，会对种子发芽和幼苗生长造成伤害，一般不宜做种肥。这类肥料要在翻耕时施入，或施在播种沟下层，不与种子直接接触，或与土杂肥混合施用。
忌用具有毒害作用的肥料 尿素在作物的生长过程中，常生成少量的缩二酸，缩二酸的含量若超过20%，对种子和幼苗就会产生毒害。另外，含氮量高的尿素分子透入种子的蛋白质分子中，使蛋白质变性，对种子发芽和幼根产生毒害。
忌用含有氯离子的肥料 氯化钾、氯化铵等化肥含有氯离子，施入土壤后会产生水溶性氯化物，对种子发芽和幼苗生长不利，甚至烧种烧苗。硝酸铵、硝酸钾等肥料含有硝酸根离子，对种子发芽有毒害作用。
忌用强碱性肥料 强碱性肥料有窑灰钾肥、钢渣磷肥等。窑灰钾肥含钙较多，吸水性强，吸水后形成熟石灰，放出大量热量，易烧坏种子和幼根。作种肥时，必须与高于10倍的有机肥料充分混合，施入播种沟（穴）下层，勿与种子直接接触，并注意播种后及时覆土，以防危害。
忌用未经腐熟的人畜粪 一般经过充分腐熟的人畜粪尿等农家肥可用作种肥，于播种时施在种子附近，效果很好。但如果将未经腐熟的生粪作种肥，因肥料在发酵过程中会释放大量热能，不仅极易造成烧根，而且释放出的氨气还会灼伤幼苗。人畜粪等农家肥，要经过堆沤高温发酵，充分腐熟后方可用作种肥。
