鸡曲霉菌病的病理变化与不同菌株、不同禽种、病情严重程度和病程长短有差异，一般而言，主要见于肺和气囊的变化。
肺在肺脏上出现典型的霉菌结节，从粟粒到小米粒、绿豆大小不等，结节呈灰白色、黄白色或淡黄色，散在或均匀地分布在整个肺脏组织，结节被暗红色浸润带所包围，稍柔软，有弹性，切开时内容物呈干酪样，似有层状结构，有少数可互相融合成稍大的团块。肺的其余部分则正常。肺上有多个结节时，可使肺组织质地变硬，弹性消失。时间较长时，可形成钙化的结节。
气囊最初可见气囊壁点状或局灶性浑浊，后气囊膜浑浊、变厚，或见炎性渗出物覆盖；气囊膜上有数量和大小不一的霉菌结节，有时可见较肥厚隆起的霉菌斑。作者曾见到气囊上的菌斑约贰分硬币大小，呈圆形、隆起，中心稍凹陷似碟状，呈烟绿色或深褐色，用手拨动时，可见粉状物飞扬。
腹腔浆膜腹腔浆膜上的霉菌结节或霉菌斑与气囊上所见大致相似。
其他病灶如皮下、肌肉、气管、支气管、消化道、心脏、内脏器官和神经系统也可能见到某些病变。鹌鹑胸前皮下和胸肌内有大小不等的圆形或椭圆形肿块。雏鸡右大脑回见有粟粒大小的霉菌结节。烟曲霉引起神经症状的6只雏鹅脑部病变，大小脑轻度水肿，表面针尖大小出血，有黄豆大淡黄色坏死灶。周兴国等报道由黄曲霉毒素引起鸭的肝脏病变，肝巨块型占11%，肝肿大2倍-3倍，有结节组成的肿瘤状病变，结节型占59%，弥散型占32%。
病理组织学检查，也可见到肺、气囊及某些器官的霉菌结节病变，肉芽肿形成，多核巨细胞、淋巴细胞、异嗜细胞浸润灶。
