1.选用无病种薯，培育无病壮苗，建立无病留种田。
2.栽培措施 春薯可适当晚栽，能减轻黑痣病发生;注意排涝，减少土壤湿度;有条件的地方，可实行与禾科作物三年以上的轮作。
3.化学防治措施：
①苗床育秧期：不用病薯块作种薯，对无病薯块也要进行药剂处理。方法是用50%纯品多菌灵可湿性粉剂1000倍或纯品甲基托布津1000倍浸泡10分钟进行消毒。浸泡后的药液要泼在苗床上，注意不要用复方多菌灵或复方甲托，以免有效成份不够，影响防治效果。剪下的薯苗用上述药液浸泡根部(约10厘米)10分钟。连根拔下的薯苗要将根部剪掉后再浸泡。苗床上若发现病薯要立即深埋或烧毁处理。
②大田栽植期：大田栽秧时，亩用50%纯品多菌灵1～3千克兑细土，浇水栽秧后，施药土，最后覆土，可杀灭土壤中的黑痣病菌。
③收获期：首先要做到适时收获，一般在寒露至霜降之间，具体时间以当地日平均气温在15℃左右为宜。若收获过晚，薯块容易遭受霜冻，利于黑痣病菌侵入。收获后要用50%纯晶多菌灵浸沾后在院内或晒场上晒2～3天，使薯块伤口干燥，可抑制薯块病菌侵入。也可先在屋内干燥处晾放10～15天(堆0.3～0.7米即可)，渡过薯块旺盛呼吸阶段，迫使薯块进入休眠状态，然后再入窖。
④贮藏期：甘薯贮藏期窑温要控制在12～15℃之间，如果温度低于9℃，甘薯易受冻害，诱发黑痣病或其它病害。若温度高于17℃，甘薯极易在发芽生根，且利于黑痣病的发生。观察窑温的方法是：用细绳将温度计从井眼控气孔伸入井底，10分钟后拉出观察，当温度低于9℃时，减少通风孔口，高于17℃时，扩大通风量，每隔15天观察1次。
