进入秋季，棉花生长转入吐絮、完成秋桃发育的生长后期，这个时期应以养根保叶为中心，以科学的管理手段，促棉株健壮生长，防止早衰及贪青晚熟和烂桃，争取棉花丰收，具体管理方法如下：
一、抗旱防涝
无水等于无肥，如果水分不足，棉株就会产生大量的乙烯，导致棉铃早衰和脱落，所以在8月中旬至9月中旬这一时期0～40厘米土壤含水量要保持在田间持水量的55%以上，只有这样棉花的各项生理功能才能正常运行。在防旱的同时也要注意秋雨过多对棉花造成的涝害，要及时做好清沟排水工作，以保养根系，减少烂铃。
二、控制抽条疯长
棉花抽条疯长，不仅影响棉桃的正常发育，而且降低了棉花的品质产量，及时喷施促花王3号，迫使顶梢精华营养回流，抑制主梢疯长，不需人工打顶芽，激素杀梢，促进花芽分化，提高坐桃率 。
三、补施底肥
磷、钾、有机肥等底肥未能在播种前施入，要在苗期及早补施。实时用根施通与微肥配合灌根，与“微肥”配合灌根，能诱导植株对土壤中氮磷钾及各种微量元素的吸收、消化、释放，提升果实发育正能量，优化果实品质。
四、物理调控
棉花吐絮后期，应喷施护树将军+棉花壮蒂灵，喷施于棉株的叶面和中、上部青铃上，加强棉桃营养输送量，提高膨大活力，加快棉树循环现蕾，循环吐絮，提高纤维质量，同时防止外界病、虫对棉花的侵害，提高抗性，减少不必要的损失。
五、科学治虫防病
防治病虫害：棉花病虫害有红腐病、黄萎病、红粉病、炭疽病、立枯病、曲霉病、角斑病、黑星病等病害，喷施针对性药物加强治理。植株各个阶段要严格注意病虫害的迁入，在每个生长期根据发病情况进行有效的药物防治，同时并喷洒新高脂膜以提高药效，使没有发病部位的病菌无法着落。
