水产用微生态制剂按形态一般分为两类：一类是固态微生态制剂；另一类是液态微生态制剂。使用方法包括：鱼苗浸浴、饵料掺喂、全池泼洒。
鱼苗浸浴：将放养前的种苗放在稀释1000-2000倍的液态微生态制剂中浸浴1分钟，然后放养。
饵料拌喂：每吨饵料用液态微生态制剂1-2升。干料：将微生态制剂稀释200倍后均匀喷洒，将饵料表面喷湿，喷完即喂；湿料：将稀释200倍的菌液直接拌料，拌匀即喂。
全池泼洒：每3-5亩水面（1米水深）使用1升液态微生态制剂或1公斤固态塘底净微生态制剂，液态微生态制剂适当稀释后每10天左右泼洒一次。塘底净每1-2个月使用一次。如遇水质恶化或养殖密度较高可增加泼洒次数及用量。
微生态制剂使用注意事项：
微生态制剂的使用应与杀菌剂的使用间隔2-3天以上。
液态微生态制剂使用前应摇匀，存放在阴凉避光处，如遇变质的应停止使用。
如微生态制剂出现结冰情况，应在自然条件下解冻，切不可采用蒸煮等人工加热方式解冻。
塘底净等固态制剂应在鱼类摄食后使用，防止鱼类抢食。
全池泼洒应在水温及肥度适合时使用，以达到最佳效果。
开封后未用尽的微生态制剂应密封好后保存。
