一般在4月中旬金针菇生产结束，将其栽培废料脱袋晒干，并结合摊晒敲打细碎，集中保存防雨淋。双孢蘑菇栽培料配方：以金针菇废料干重计算，加入3%过磷酸钙、2.5%生石灰粉、1.5%石膏粉、4%玉米粉、15%新鲜棉籽壳，再加入8％～10%的大糠或油菜籽果壳，以改善料的通气性。
二、堆制发酵
袋栽双孢蘑菇培养料在堆制时，按配方一次配料并拌匀，料的湿度调至65％～70%，堆制发酵15～20天，期间待料堆内温度自然上升到60～70℃时，进行第一次翻堆，翻堆时一定要注意料的上下，内外位置对调，确保发酵均匀，翻堆2～3次即可。
三、装袋灭菌
堆制发酵完成后，薄摊培养料散尽废气，调整料的含水量在60%左右。利用长过金针菇的旧袋进行装袋，一般袋的规格为19厘米×33厘米的低压聚乙烯袋。装料时要用手握拳头紧压，或采用机器装袋，达到合适松紧度，然后进行常压蒸汽灭菌8～10小时。
四、接种与发菌管理
灭菌完备，在袋内料温低于28℃时接种，每瓶原种可接20～22袋培养料。一般夏季采用接种箱进行，早春晚秋可进行开放式接种。接种前先将场地遍撒生石灰粉和克霉净的混合剂，比例为100∶1，再向空间喷0.5%克霉净或来苏尔净化空气。接种后在消好毒的棚室进行菌种袋培养发菌。夏季菌袋单层稀排放，棚室顶覆盖遮阳网降温；早春晚秋可堆放3～4层，采用塑料薄膜+草帘+塑料薄膜的双膜大棚增温保温，适时通风，在避光的环境下促进菌丝萌发快长，经过50天左右，菌丝即可长满袋。
五、脱袋覆土
根据气候及市场鲜菇价格行情掌握脱袋覆土时间，将料袋的薄膜撕开脱掉，平放在地面或床架上，上覆大豆大土粒的混合土，调节土粒pH值至7.5，用5%甲醛溶液均匀喷洒土粒，并覆盖薄膜消毒24小时后揭膜散尽异味，将处理过的土粒调水至手捏成团、掉地即散的含水量状态，覆土时填满缝隙，料面粗细混合土的厚度以3～4厘米为宜。
六、调水出菇
当菌丝伸展到覆土层的2/3时，一般掌握棚室内温度夏末早秋在25℃；冬季早春在10℃以上，要及时准确地喷结菇水，促进菌丝扭结，喷水量为平时的2～3倍，以土层吸足水份不漏料为准。在喷结菇水的同时，通风量必须比平时增大。当土缝中出现大豆大小的菇蕾后，及时喷出菇水，促进子实体形成。蘑菇采收期间，保持室内相对湿度90％～95%，喷水量应根据菇量和气候条件灵活掌握，以轻喷、勤喷、间歇喷水为主，菇多多喷，菇少少喷，晴天多喷，阴雨天少喷或不喷，忌打关门水，忌在室内高温和采菇前喷水，每潮菇前期通风量适当加大，但需保持菇棚相对湿度90%左右，后期菇少适当减少通风量，整个栽培管理过程，正确处理喷水、通风、保湿三者关系，既要多出菇、出好菇，又要保护好菌丝，促进菌丝前期旺盛，中期有劲，后期不早衰。
