选择使用敏感的抗生素根据引起畜禽疾病的致病微生物的种类特点选择合适的抗生素，在未弄清楚病原菌时，一定不要盲目乱用抗生素。临床上应重点做好药敏试验，根据试验结果选用细菌高敏的抗生素。如果发现细菌对某类抗生素产生了耐药性，应及时更换作用机制不同的抗生素或选用其他抗菌药物。
控制抗生素的使用范围严格控制抗生素用于预防感染，尽量避免在皮肤和黏膜等局部应用抗生素。用其他药物能治好的疾病，不要使用抗生素，使用一种抗生素能治好的疾病，不要同时使用多种抗生素，用窄谱抗生素能治好的疾病，不要使用广谱抗生素。
掌握科学的使用方法使用抗生素时，开始宜用较大剂量，使血中的药物尽快达到有效浓度，防止因剂量不足而产生耐受。用药剂量应以厂家推荐的剂量为准，不能随意加大或减少。对于一般性的传染病和感染症，应连续用药3天~5天，症状消失后再用1天~2天，切忌停药过早、中断用药。急性传染病和严重感染症，使用抗生素的剂量应适当加大，用药时间要加长。
确定合理的用药方案β—内酰胺类抗生素具有时间依赖性杀菌作用，每日1次性静滴或肌注比较合理；喹诺酮类及氨基糖苷类药物具有浓度依赖性杀菌作用，在临床上可采用每日1次的给药方式。另外，交替使用抗生素或其他抗菌药物，也是防止细菌产生耐药性的重要措施。
强调综合治疗对于全身感染性疾病，不能一味地强调使用抗生素，在应用抗生素的同时，还要充分重视综合治疗，如：预防脱水，纠正电解质紊乱，调节酸碱平衡；补充血液容量，维持心脏机能，改善血液循环；处理原发疾病和局部病灶；清肠制酵，促进胃肠道蠕动。在加强护理、综合治疗的条件下，能大幅度提高机体免疫力，使内因与外因有机地结合，抗生素才能发挥出最好的作用，细菌才不会产生药物耐受。
消毒务求彻底干净对污染场所进行消毒时，一定要选用强效消毒剂，务求彻底、全部消灭干净，对于耐药细菌的感染，更要注意严格执行消毒隔离制度，避免或减少交*感染。生产场内的用具也要定期彻底消毒。
使用抗菌中草药许多中草药都具有抗菌作用，如大黄、黄连、黄芩、黄芪、大青叶、板蓝根、穿心莲、鱼腥草、茵陈、大叶桉、金银花、大蒜等。中草药既没有致畸、致癌、致突变的危险，细菌也不易产生耐药性，既可用于治疗，也可用于预防，经济方便、实用有效，可以替代部分抗生素，应大力推广。
