施足基肥移栽定植前，每亩施腐熟有机肥4000～5000kg，尿素15kg，过磷酸钙50kg，硫酸钾20kg，草木灰150kg。或高氮低磷高钾型三元复合肥（20-5-20）30kg左右，过磷酸钙每亩施50kg左右，一般将其中的2/3均匀撒施于地表，结合整地翻入，1/3施在定植沟内。如果是优质有机肥，数量较少，可与化肥混合后，以集中沟施为主。保护地冬春茬栽培，基肥施用量要适当加大。为促进根系向纵深生长，定植前要深耕。
施催苗肥 缓苗后应追施一次催苗肥，每亩穴施腐熟人粪尿250～500kg，尿素5kg，对早熟品种追肥量应稍大，以免出现“坠秧”现象，对中晚熟品种或苗龄小的秧苗要控制追肥量，以防徒长。另外，施肥穴应挖在根系即将延伸到的位置，并且不要离根太近，以免造成烧根。追施膨果肥 第一穗果开始膨大时，结合浇水，每亩施人粪尿500kg，尿素8～10kg。当第一穗果发白，第二、三穗果进入迅速膨大期时，肥水需要量达到高峰，应及时追施盛果肥。每亩随水追施磷酸二铵25kg，硫酸钾复合肥25～30kg，盛果期追2～3次肥后，大架秋番茄需再增加追肥1～2次，以确保中后期生长。
在番茄开花结果期，可进行根外追肥（即叶面喷肥），常用的肥料水溶液有：0.5%～1%的尿素，1%的过磷酸钙浸出液，0.1%～0.2%的磷酸二氢钾，0.4%～0.7%的氯化钙等，可混合喷施或交替喷施。在第一穗果初花期和果实膨大期分别喷施浓度0.03%～0.04%的稀土水溶液，可提高坐果率，改善果实品质。
保护地栽培番茄施用氮、磷、钾肥的量比露地稍大。为提高育苗质量和果实产量，棚室内应增施CO2，提高棚室番茄的产量。
