药物防治鱼病过程中，常常发生效果不佳，甚至出现鱼病更严重导致死亡的现象，这是为什么呢？究其原因，其主要有以下几种情况：
药物失效防治鱼病用的药，特别是漂白粉易受潮失效，故漂白粉要用干燥粉末，生石灰要用块灰。平时药物要按规定妥善保管，并在保质期内使用。
拮抗作用当两种以上性质不同的渔药混用时，药物间会产生反应，降低效果。例如，敌百虫遇碱即分解，不能与生石灰等碱性物质混用。
水质过肥有些药物如硫酸铜，按常规用量使用时，会与水质中的丰富有机物或矿物质等发生反应而被消耗，降低防治效果。
温度有些药物的药效受温度的影响很大，在不同温度药效差别很大，如硫酸铜在高温时毒性特别强（溶解水温时不能超过60℃)。
抗药性导致鱼病的虫、菌对长期药物的袭击产生抗药反应，尤其是同一种药物如果反复使用，抗药性增强更明显。轮换用药是解决抗药性简单而又有效的办法。
用药量不足计算水体体积不准和称药量不够，这种现象全池泼洒时常出现，因为药量不足，池水达不到一定药物浓度，防治效果不佳。所以不规则鱼池体积测量计算一定要准确。
溶解不完全泼洒药物前要按要求用开水、温水或冷水充分溶解，泼洒的药物不能有颗粒或块状，以防药物没有充分溶解，水体依然达不到规定浓度，或药物颗粒被鱼误食而致死。如生石灰要化浆泼洒，漂白粉不宜干洒。溶解药要注意水温，如溶解硫酸铜水温不能超过60℃，溶解杀虫中草药要求温度在60℃～100℃。
泼洒不均匀防治鱼病时药物遍洒要均匀，尤其是边角容易被疏忽，造成用药不到的区域杀菌、杀虫不彻底，使鱼病复发。
没有对症下药盲目投药而不对症下药是防治鱼病的大忌。这样既达不到防治病害的目的，又造成经济浪费，甚至还会起副作用。
用药疗程不足有的鱼病一个疗程并不一定能达到满意的效果，而要使用二个或三个甚至更多疗程，这要看病情的严重性和病情的长短。如果疗程不足，杀灭病虫害不彻底，就会出现治愈率低或该病再复发的现象。
用药过量与用药不足相反，用药量过多，超出鱼类忍受限度，反而会造成大量死亡。
鱼类本身患不易治愈的疾病有些鱼病，如草鱼出血病，一旦发生，目前尚无特效治疗药物，采用常规药物治疗也不能收到令人满意的效果。因此，这类鱼病更要以预防为主。如孢子虫，到形成泡囊时，用药很难奏效。用错药例如，用硫酸铜或硫酸铜和硫酸亚铁合剂治疗小瓜虫病，鱼病不仅不会减轻，反而会使虫体形成孢囊，增强虫体的抵抗力，鱼病会更严重。
