水稻恶苗病从苗期至抽穗期均可发生，一般有3个较明显的发病高峰期。在播种后15天左右出现第一个发病高峰，在水稻分蘖高峰期出现第二个发病高峰，在水稻孕穗期出现第三个发病高峰。在前两个高峰期发病较严重。带菌种子是水稻恶苗病的主要传染源，其次是病稻草。恶苗病病菌以分生孢子附着在种子表面或以菌丝体潜伏在种子内越冬。播种病谷或用病稻草覆盖催芽，均可引起幼苗发病。苗期发病，病苗比健苗细高，叶片、叶鞘细长，叶色淡黄，根系发育不良，部分病苗在移栽前后不久死亡。病死植株表面产生分生孢子，能经风雨传播到健苗，从伤口侵入，造成多次再侵染。但这种再侵染能力比较弱，在田间侵染健康稻苗的可能性很小。
播前用药浸种是防治恶苗病的有效措施，适用药有氰烯菌酯、咯菌腈、乙蒜素、咪鲜胺等。但用药量过低或用药浓度过低会导致防效下降，造成恶苗病发生。用药浸种时间过短，也会导致防效下降。部分地区水稻恶苗病病菌对咪鲜胺产生了抗性，在这些地区，宜换用氰烯菌酯、乙蒜素、咯菌腈等药浸种。在水稻浸种过程中，病种子上的病菌会污染无病种子。水稻恶苗病病菌主要在催芽期间侵染芽谷，此时稻种堆积、温湿度适宜，由部分稻种携带的分生孢子大量萌发，不仅侵染原来带菌的稻种，还侵染原来不带菌的稻种，使染病率大幅度提高。一般催芽的比不催芽的发病重，催芽时间越长发病越重。用药浸种后不经催芽或催至露白播种能有效控制恶苗病发生。有研究表明，缩短浸种催芽的时间，对恶苗病也有显著的预防作用，以干种直接播种最为明显。相对于浸种催芽来说，干种直接播种对恶苗病的病株防效可达80％以上。
上述移栽、机插稻田恶苗病发生较重，可能与浸种选药不当、浸种质量差、催芽时间长等有较大关系。旱直播水稻，一般播种干籽，不催芽，病菌侵染率低，即使有部分带菌种子，病菌一般也不会侵染健苗，因而发病轻或不发病。
