一、绿熟期番茄耐储藏
番茄成熟的过程可分为绿熟期、初熟期、半熟期、硬熟期、完熟期五个阶段。绿熟期番茄果实已充分长大，果硬，果皮变成浅绿色，果肉变成浅黄色；初熟期番茄表面开始转色，果面约有四分之一已着色，大多在果顶部分先呈红色；半熟期番茄果身已经半红；硬熟期番茄果面基本变红，但仍有一定的硬度；完熟期番茄果身全部变红，变软。
番茄可以采收红熟果，也可以采收绿熟果后人工催熟。考虑到商品品质，应采收初熟期果，这样采收时易判断，不至于采收过生果。
番茄在储藏过程中会缓慢成熟，降低温度可以延长成熟的时间，延长保鲜时间。绿熟期番茄耐储藏，条件适合时可以储藏30-40天，而红熟番茄在条件适合时也一般只能储藏1-2周。
绿熟番茄比红熟番茄怕冷，绿熟番茄适宜的储藏温度是11-13℃，低于10℃容易受冷害。红熟番茄能忍受7-10℃的低温，绿熟番茄在储藏后期果身转红时可以再降低温度来延慢成熟并抑制病害的发展，减轻腐烂损失。
番茄果皮的保水能力比较强，储藏期环境相对湿度可以维持在90％左右。如果有条件控制气体成分，将氧气与二氧化碳的含量都保持在2-5%，可以明显地延长保鲜寿命。
二、冬储番茄重在保温
温度较高时，选阴凉通风、地势高燥的地方储藏。采下的果实需先预冷，储藏前剔除病果和机械损伤果。先铺一层厚10厘米、宽100-150厘米的麦秸，长度根据储藏量而定。在麦秸上摆放一层果实，果柄朝下，果与果之间留2厘米空隙，上铺一层麦秸，厚度以盖住果实为宜，如此一层果实一层麦秸摆放6-10层，注意下宽上窄，最后外部铺一层麦秸，厚度为10厘米。此法可储藏1个月左右，好果率可达90%以上。分批出售时可从一头扒开， 拿出部分番茄后仍用麦秸盖严。
塑料大中棚内秋延后栽培的番茄，在绿熟期采收后储藏，采收前、采收时和储藏期时刻都有低温影响，重点应做好保温工作。已进入硬熟期和完熟期的番茄应立即上市或食用，也可以放在5-7℃条件下短期储藏，一般能存放15-20天。绿熟期果实怕低温，在8℃以下较长时间存放果实会受冷害，表面出现水浸状斑点，下陷、褐变，果蒂周围变成浅褐色，严重时产生白霉、青霉或黑霉，甚至引起水分外渗，整个果实呈半透明水浸状腐败。绿熟期果实应先在10-14℃温度条件下缓慢红熟，然后在5-7℃条件下储存。储藏期适宜的空气相对湿度为85-90%，湿度过低易引起过度失水，果皮变皱，香味变淡。
此外，据有关资料报道，用1%蝇蛆壳聚糖水溶液与1‰阿米西达水溶液以1:1的体积比配制成混合液（淀粉浓度1%）浸泡番茄，晾干后装入保鲜膜中，置于25-30℃温度条件下可保存12天。
