氯磺隆是一种弱酸。在酸性条件下，氯磺隆大部分分子以易水解的中性生态存在，水解很快。据试验，pH值为4时经一周约水解50%，pH值为5.7时水解半衰期为4周；在pH值为7的中性水溶液中，水解半衰期为6周。在碱性条件下，氯磺隆主要以离子态存在，水解半衰期更长。
土壤pH值对氯磺隆的土壤降解起决定性作用。不同pH值条件下，其土壤降解半衰期差异较大。据试验，在pH值5.6的酸性土壤中，氯磺隆降解半衰期为1.9周；而在pH值7.5的偏碱性土壤中，其半衰期达10周；pH值5.6的土壤施药后6周可降解90%；而在pH值7.5的条件下施药后6周仅降解20%。
氯磺隆在土壤中易移动，特别是在碱性条件下移动性更强。在土壤表层不能被降解的氯磺隆，可以随雨水淋溶到达25厘米深的下层土壤，以后又可以随土壤毛细管水分上移，也可以横向移动。这一特点决定了犁地等耕作措施不能消除氯磺隆对后茬作物的影响。
氯磺隆的这些特性，决定了它在碱性土壤和旱田施用后残留期较长。大面积生产实践表明，氯磺隆活性高，在碱性土壤和旱地施用对后茬作物大豆、棉花有影响，对后茬种植的甜菜、玉米、油菜、菜豆、豌豆、芹菜、洋葱、辣椒、胡萝卜、苜蓿等作物有药害。目前该药仅限于长江流域麦稻轮作区土壤为中性或酸性的麦田使用，碱性土壤禁止使用。
氯磺隆和甲磺隆残留期长，在土壤中能不断积累，即使在长江流域麦稻轮作区，如果超量使用或连年使用这类药剂，也会对后茬作物造成影响。农业部全国农技推广中心梁帝允在一篇题为《我国麦田化学除草现状与发展对策》的报告中说：近年来长江流域麦稻轮作田连年使用氯磺隆、甲磺隆后，不仅菵草等禾本科杂草产生了较强的抗药性，而且由于药物在土壤中不断累积，对水稻也会产生隐性伤害。麦田冬前施用氯磺隆、甲磺隆后，麦收后只能大苗移栽水稻，如小苗移栽、抛秧、育秧、直播水稻，则容易造成僵苗、迟苗不发或死苗。
有研究表明：在水稻秧苗2叶1心期低剂量（正常）用药量的一半（施氯磺隆，或者在移栽后5天内按正常用量施用，或者在田间药物残留量大的情况下，会对水稻产生明显的药害，表现为根和幼芽生长受阻，心叶不能抽出，生长点畸形或坏死，叶片暗绿或失绿坏死，节间缩短，须根少而老化，生长停滞，植株矮化黄化，最后逐渐枯死。
综合来看，在长江流域麦田使用氯磺隆、甲磺隆是否会对后茬水稻造成药害，要看土壤的酸碱度、用药量大小和连续用药的年限长短。在土壤为酸性的稻麦轮作田，正常使用氯磺隆、甲磺隆（一般每亩纯药用量合计不超过1克），而且用药年限不是很长，通常不会对后茬水稻产生太大的不利影响；反之，就有可能产生药害（通常是隐性药害，对水稻生长和产量有影响），特别是对直播和小苗移栽的水稻可能造成更大影响。考虑到现在麦田菵草、日本看麦娘等多种杂草已对氯磺隆产生很强的抗药性，后茬为直播水稻的麦田，一般不要施用氯磺隆、甲磺隆。
