水稻穗颈瘟在大田中一旦发现病株，且如果当地雨日较多，则控制的难度较大。对该病应提前预防，一旦感病，防治措施如下：
1、选用抗病品种。不同的水稻品种对穗颈瘟的抗性有明显差异，如果大面积种植感病品种，将导致病害流行。
2、种子消毒处理。稻瘟病菌可在稻谷上越冬，因此种子消毒要彻底。可用1%石灰水浸种1-2天，石灰水层要高出种子15厘米左右，加盖静置，捞起后用清水洗2-3次。也可用2%福尔马林浸种20-30分钟，取出后用薄膜覆盖闷种3小时。
3、加强水肥管理。适时放水烤田，中后期采取浅水勤灌、干干湿湿的水浆管理。实行氮、磷、钾合理配方施肥，避免偏施、重施氮肥造成水稻贪青晚熟，加重穗颈瘟的发生。
4、防治方法。穗颈瘟流行时，可在始穗和齐穗期间，每亩各用20%三环唑可湿性粉剂100克或40%克瘟散或富士1号75-100克对水喷雾；在多雨雾地区，在晚稻灌浆期还要施药1次。
